Superpočítač objevil 110 000 nových virů. Včetně devíti dosud neznámých koronavirů
Analýza téměř 6 milionů biologických vzorků identifikovala více než 110 000 nových virů, včetně devíti dosud neznámých koronavirů. Tento úžasný objev by mohl být využit ke sledování případných budoucích pandemií, informoval server Nature.
Studie, jejíž výsledky byly právě publikovány v prestižním vědeckém časopise Nature, vznikla jako zábavný vedlejší projekt, přiznává hlavní autor doktor Artem Babaian. Mezinárodní tým vědců chtěl pouze otestovat možnosti nového superpočítače. Za tímto účelem mu poskytli téměř 20 milionů gigabajtů dat, která obsahují sekvenované geny z 5,7 milionu biologických vzorků nasbíraných v různých prostředích, od ledovcových jader až po zvířecí výkaly.
Superpočítač použitý ve studii využívá 22 500 procesorů. Analýza, která by na klasickém superpočítači trvala více než rok, trvala na nejmodernějším zařízení pouhých 11 dní a stála 24 000 dolarů, v přepočtu cca 500 tisíc Kč. A výsledky nejenže dalece přesáhly rámec vedlejšího projektu, ale ukázaly se být významným objevem.
Nové viry pomohou vypátrat zdroj pandemie
Počítač analyzoval data a odhalil 132 000 RNA virů (do této skupiny patří i virus hepatitidy C nebo RSV), z nichž pouze 15 000 bylo vědě dosud známo. Mezi novinkami identifikovanými počítačem bylo také devět nových koronavirů, které pravděpodobně pocházejí z prasat, ptáků a netopýrů.
Autoři studie přiznávají, že bez dalších analýz nelze říci, zda tyto nově objevené koronaviry mohou infikovat člověka. Připomínají však, že kromě nebezpečných koronavirů, jako je SARS-CoV-2 (zodpovědný za pandemii covid-19), SARS-CoV a MERS-CoV, jsou známy také čtyři, které u lidí obvykle způsobují pouze běžné nachlazení.
Nečekaný výsledek studie by podle autorů mohl pomoci při sledování a prevenci budoucích epidemií. „Vstupujeme do nové éry poznávání genetické rozmanitosti virů v přírodě a toho, kolik různých živočichů tyto viry sdílí. Doufáme, že nás nepřekvapí, pokud se znovu objeví něco jako SARS-CoV-2,“ říká doktor Artem Babaian.
Foto: Serratus Project
Bude vytvořena globální databáze nových virů?
Vědci doufají, že na základě jejich objevu vznikne databáze informací o virech, která umožní rychle identifikovat zdroj daného patogenu, a tím nejen omezit jeho šíření, ale také v krátké době vyvinout metody léčby nebo vakcíny.
„Pokud se u pacienta objeví horečka neznámého původu, bude možné po sekvenování vzorku krve spojit tento virus, který je u člověka neznámý, s mnohem větší databází virů, které existují v přírodě. Pokud například zjistíme virovou infekci neznámého původu u pacienta v St. Louis, můžeme během dvou minut prohledat databázi a spojit tento virus například s velbloudem ze subsaharské Afriky, ze kterého pocházel vzorek z roku 2012,“ vysvětluje doktor Babaian.
Vědci doufají, že infekce zjištěné velmi brzy nikdy nepřerostou v pandemii. Aby se však tento scénář mohl naplnit, je nezbytné, aby byla u všech sporných případů provedena profesionální a pokročilá diagnostika. To může být problém, zejména v málo rozvinutých zemích.
Zdroj: nature.com